Джинки следит за историей главного героя Аоба, одинокой девушки-подростка, которая превосходно справляется со строительством пластиковых моделей роботов. Однажды она похищается собственной матерью в джунгли Южной Америки, где организация под названием "Ангел" готовит робота по имени Боевой Робот Морибито Номер 2 ("Хранитель") к битве с древними "джин-ки" ("человеческие машины").