После поражения доктора Ада жизнь на Земле находится под угрозой со стороны Императора Тьмы и его семи генералов, контролирующих чудовищ Микенской империи. Эти Звери-Воины выжили под землей благодаря объединению их органических систем с механическими телами. Чтобы не допустить подчинения этих чудовищ, существует Великий Мазингер, мощный робот, построенный доктором Кабуто Кензоу, сыном изобретателя Суперсплава Z и создателя Мазингера Z, доктора Кабуто Юдзу. Великий Мазинджер пилотируется Цуруги Тэцуя, сиротой, воспитанной тем же доктором Кабуто, и с рождения обучался драться на борту робота. Война против Императора Тьмы очень тяжелая и, кажется, никогда не заканчивается.